NCC-73620 uvedeno na modelu (TNG: The Best of Both Worlds), na displayi kapitána Picarda uvedeno NCC-71620 (TNG: Redemption, Part II).

2. Správné jméno U.S.S. Brattain

Na modelu je uvedeno U.S.S. Brittain, oficiální zdroje uvádějí U.S.S. Brattain

3. U.S.S. Nova

U.S.S. Nova, údajný prototyp třídy Nova, má uveden registr NCC-73516, který je ovšem vyšší než u novějších lodí, např. U.S.S. Equinox NCC-72381 nebo U.S.S. Rhode Island NCC-72701.

Po svém výskytu v TNG: Descent byla označena za loď třídy Cheyenne. Když se v epizodě TNG: Pegasus setkala s U.S.S. Enterprise-D, byla třídy Excelsior.

5. Registrační číslo U.S.S. Farragut

Opět neshoda v registrech - NCC-60591 (Star Trek Encyclopedia II) a méně věrohodný registr NCC-60597 ze Star Trek Fact Files.

6. Registrační číslo U.S.S. Fearless

V publikaci Star Trek Encyclopedia II je uveden registr NCC-14598, ale v publikaci Star Trek Fact Files je registr NCC-4598.

7. Registrační číslo U.S.S. Gorkon

V publikaci Star Trek Encyclopedia II je uveden registr NCC-40512, ale v publikaci Star Trek Fact Files je registr NCC-40521.

8. Registrační číslo U.S.S. Horizon

V publikaci Star Trek Encyclopedia II je uveden registr NCC-176, ale na oficiálním nákresu lodi je uvedeno NCC-173.

9. Správné jméno U.S.S. Jenolan

Existují spory ohledně správného jména lodi.
A) Loď se mohla jmenovat U.S.S. Jenolin. Jenolin bylo uvedeno na modelu lodi a existuje jedna stará námořní loď jménem Jenolin.
B) Star Trek Encyclopedia označila loď jako U.S.S. Jenolen.
C) Ve scénáři bylo uvedeno Jenolan. Tento název je správný. Cca 140 km od Sydney (název třídy) leží jeskyně Jenolan Caves, které údajně Ron D. Moore, který psal epizodu TNG: Relics, navštívil.

V epizodě VOY: Raven bylo uvedeno jméno S.S. Raven a registr NAR-32450. Ve dvojepizodě VOY: Dark Frontier se mluvilo o lodi U.S.S. Raven s registrem NCC-32450. Protože byl Raven civilní vědecké plavidlo, odpovídala by spíše první varianta.

13. U.S.S. Republic

V epizodě DS9: Valiant byla zmíněna U.S.S. Republic, 50 let stará loď určená k trénování kadetů. Ronald Moore naznačil, že se jedná o U.S.S. Republic NCC-1371 třídy Constitution. Je vysoce nepravděpodobné, že by byla ještě v aktivní službě, navíc by nebyla 50 let stará, ale minimálně 130 let. V epizodě TNG: The Best of Both Worlds, Part II se mezi troskami objevil sekundární trup patřící třídě Constitution. To by mohlo znamenat, že ještě v té době byly některé lodě této třídy v provozu nebo jako záloha. Tento trup však teoreticky mohl patřit třídě Challenger. Pokud by opravdu některé lodě třídy Constitution byly v provozu ještě v druhé polovině 24. století, neřekl by kapitán Picard Scottymu v epizodě TNG: Relics, že je loď třídy Constitution vystavena v muzeu, ale řekl by mu, že je ještě jedna nebo více v provozu. Proto je nepravděpodobné, že by tato Republic byla ona loď třídy Constitution.

14. Registrační číslo U.S.S. Zhukov

Registrační číslo NCC-62136 uvedené na modelu lodi bylo označeno jako omyl. Správný registr je NCC-26136.

15. Registrační číslo U.S.S. Yamato

V epizodě TNG: Where Silence Has Lease byl lodi přidělen registr NCC-1305-E. Po epizodě TNG: Contagion se začal uvádět registr NCC-71807. Registrační číslo NCC-1305-E bylo označeno jako omyl.

16. Lodě třídy Defiant z VOY: Message in a Bottle

Obě tyto lodě nesly označení "U.S.S. Defiant NX-74205".

17. Registrační číslo U.S.S. Princeton

Na modelu použitém v troskách po bitvě u Wolf 359 byl uveden registr NCC-59804, kdežto v publikaci Star Trek Fact Files a spolehlivější Star Trek Encyclopedii II byl uveden registr NCC-58904.

18. Třída Nova

V TNG Technical Manual bylo uvedeno, že třídu Galaxy později nahradí nová třída, třída Nova. Tvůrci Star Trek Voyageru toto nerespektovali a pojmenovali tak malou vědeckou loď.

19. Třída lodi U.S.S. Biko

Ve Star Trek Encyclopedii bylo uvedeno, že je loď třídy Olympic. V epizodě TNG: A Fistful of Datas měla Biko design třídy Oberth.

20. Registrační číslo U.S.S. Raman

Registrační číslo Ramanu NCC-59983 bylo uvedeno ve Star Trek Encyclopedii. Na obrazovce v epizodě TNG: Interface bylo však uvedeno NCC-29487.

21. Název třídy Saber

Samotný název této třídy je spekulativní. Některé zdroje uvádí Saber, jiné zas Sabre. Ve Star Trek Magazine bylo uvedeno "Saber", proto by se to dalo považovat za správné.

22. Registrační číslo U.S.S. Yeager

Na obrázku ze Star Trek Encyclopedie je registr NCC-81947, (obrázek) kdežto jiné zdroje uvádějí NCC-61947. V tomto případě je těžké rozhodnout, co je správné. Třída Yeager byla postavena až po bitvě s Borgy v roce 2373. Je možné, že byla U.S.S. Yeager třída Saber v bitvě zničena a nová třída by byla pojmenována po ní. Potom by byl pravděpodobnější registr NCC-61947.

23. U.S.S. Nash

V epizodě DS9: Trials and Tribble-ations se objevila loď třídy Sydney označená U.S.S. Nash NCC-2010-5. Tento "zvláštní" registr je z několika důvodů nesmyslný. Hlavně z důvodu, že v době, kdy se objevila, by musel existovat U.S.S. Excelsior, který má registr NCC-2000, což je nesmysl. Také je zde fakt, že registr NCC-2010 byl už přidělen U.S.S. Jenolan.

24. Lodě z epizody TNG: Up the Long Ladder

V této epizodě byly na obrazovce vypsány lodě, které kdy navštívily sektor Ficus v raném 22. století. Je uveden i typ lodi a velitel lodi. Typ lodi znamená v tomto případě starý typ registračního čísla (viz zde). Velitelé lodí jsou většinou tvůrci Star Treku (Gene Roddendberry, Peter Lauritson ad.). Tvůrci epizody zřejmě nepočítali s tím, že tyto údaje někdo objeví, tak si s tím příliš nelámali hlavu. Všechny lodě jsou uvedeny v seznamu (viz obrázek).

25. U.S.S. Hood

Uvádějí se dva registry: NCC-42296 a NCC-42768. Správný je NCC-42296.

26. U.S.S. Intrepid

Na stěně kanceláře komodora stanice 11 byl uveden registr NCC-1831, ale Star Trek Encyklopedie uvádí NCC-1631.

27. Třída Antares

Začalo to v epizodě TOS: Charlie X, kde se objevila U.S.S. Antares NCC-501. Star Trek Encyklopedie ji označila jako třídu Antares, ale označila tak také U.S.S. Hermes, NCC-10376. Už to je nepravděpodobné. Antares NCC-501 Charlie Evans v roce 2264 (!) označil za starou loď a že by loď stejné třídy byla v provozu o sto let později je hodně nepravděpodobné. Jako třída Antares byla také identifikována S.S. Xhosa, která má design naprosto odlišný od designu Hvězdné flotily. Stejný design má i S.S. Norkova, nákladní loď nepatřící Flotile, avšak ta nebyla identifikována jako třída Antares. Je možné, že Xhosa a Norkova jsou třídy Antares, ale ne Hvězdné flotily, ale jiné rasy Federace, která si tak pojmenovala třídu svých lodí (podobně jako třída Whorfin). Další lodě třídy Antares jsou Bajoranské a Talarianské. Ty zřejmě nemají s Anteres Hvězdné flotily nic společného. I když jeden nikdy neví :) Nákresy jednotlivých variant jsou na samostatné stránce o třídě Antares.

28. Registrační číslo U.S.S. Carolina

V encyklopedii uveden registr NCC-160, ale na nákresu NCC-235.

29. Registrační čísla třídy Constitution

Všechna fakta naznačují, že lodím jsou registrační čísla přidělovány chronologicky. Až na tuto vyjímku: Prototyp třídy Constitution - U.S.S. Constution - má registr NCC-1700. Existují ale lodě Federace třídy Constitution, které mají nižší registry - U.S.S. Essex NCC-1697, U.S.S. Excalibur NCC-1664, U.S.S. Exeter NCC-1672, U.S.S. Potemkin NCC-1657, U.S.S. Republic NCC-1371, U.S.S. Constellation NCC-1017 a dokonce U.S.S. Eagle NCC-956. Existuje pár teorií, které tuto nesrovnalost vysvětlují:
A) Výše vyjmenované lodě nebyly třídy Constitution, ale nějaké jiné, která by nebyla příliš odlišná od třídy Constitution a po roce 2245, kdy byla vypuštěna U.S.S. Constitution, byly předělány na třídu Constitution.
B) U.S.S. Constitution NCC-1700 nebyla první loď jménem Constitution. Dříve existovala jiná loď tohoto jména s nižším registrem (NCC-955 a nižším). Tato loď byla zničena někdy před rokem 2245 a po ní byla pojmenována nová loď - podobně jako u U.S.S. Defiant (tam byl ale registr zachován). Něco podobného je taky v případu U.S.S. Saratogy. Tam ale nebyla Saratoga prototypem třídy.
C) Ve 23. století bylo ještě členění lodí do tříd "volnější". Třída Constitution byla pojmenována až později podle U.S.S. Constitution.
D) Ve 23. století se skutečně lodím nepřidělovaly registry chronologicky, ale podle jiných parametrů. K této teorii však neexistují další podklady.
E) Nejpravděpodobnějším vysvětlením je, že U.S.S. Constitution, NCC-1700 byla skutečně první lodí této třídy a měl jí být přidělen registr NCC-955 nebo nižší. Vyšší registr jí mohl být přidělen záměrně (například proto, že třídy Constitution měla být první velkolepější třídou lodí. Podobným způsobem lze vysvětlit vysoké registry třídy Federation nebo podezřele kulatý registr U.S.S. Excelsior, NCC-2000).

30. Původ U.S.S. Enterprise-A

Je druhá Enterprise s registrem NCC-1701 přestavěná loď U.S.S. Yorktown NCC-1717? V době na konci Star Trek IV: The Voyage Home. údajně procházela U.S.S. Yorktown rozsáhlou přestavbou na třídu Constitution Refit, podobně jako U.S.S. Enterprise ve Star Treku I. Pokud by to tak bylo, tak by nová Enterprise byla ve skutečnosti opravený Yorktown. Zajímavé ale je, že U.S.S. Yorktown z VOY: Flashback byla druhá toho jména. Na tento fakt by seděla teorie, že U.S.S. Enterprise-A byla nově vystavěná loď, která se původně měla jmenovat U.S.S. Yorktown-A a nová Yorktown-A byla postavena později a byla to právě ta loď z VOY: Flashback.

31. Raketoplán z VOY: Caretaker

Před startem lodi použili Tom Paris a poručík Stadi k transportu na U.S.S. Voyager raketoplán z blíže neznámé lodi Hvězdné Flotily s registrem NCC-71325 (na boční straně raketoplánu byl nápis 71325 - 1. obr.). Tak se to jevilo, když se raketoplán blížil ke stanici DS9. Při průletu kolem horních pylonů směrem k Voyageru měl ale najednou na boku nápis 1701-D (2. obr.). V dalším záběru, kdy raketoplán prolétal kolem Voyageru, měl opět nápis 71325 (3. obr.). Pomineme-li, že se jedná o chybu počítačového grafika, je klidně možné, že raketoplán měl z jedné strany nápis 1701-D a z druhé 71325. Raketoplán přemisťovali z U.S.S. Enterprise-D a jeden z nápisů prostě zapomněli přemalovat. Opačná možnost by také připadala v úvahu; Paris a Stadi mohli klidně použít raketoplán z U.S.S. Enterprise-D, který byl na Enterprise přeřazen z lodi NCC-71325